在安装Windows 2000的时候，用户需要作出的一个选择是采用FAT32文件系统还是NTFS文件系统呢？这其实是一个很简单的问题，不选择NTFS文件系统的理由只有一个，那就是你还需要用到一个不能读取NTFS分区的操作系统，例如Win9x、MS-DOS等。NTFS简介　　NTFS可以自动地修复磁盘错误而不会显示出错信息。Windows 2000向NTFS分区中写文件时，会在内在中保留文件的一份拷贝，然后检查向磁盘中所写的文件是否与内存中的一致。如果两者不一致，Windows就把相应的扇区标为坏扇区而不再使用它（簇重映射），然后用内存中保留的文件拷贝重新向磁盘上写文件。如果在读文件时出现错误，NTFS则返回一个读错误信息，并告知相应的应用程序数据已经丢失。　　NTFS有许多安全性能方面的选项，可以在本机上和通过远程的方法保护文件、目录。NTFS还支持加密文件系统（EFS），可以阻止没有授权的用户访问文件。　　NTFS文件系统带来的另一个好处是支持文件压缩功能，用户可以选择压缩单个文件或整个文件夹。　　磁盘限额功能允许系统管理员管理分配给各个用户的磁盘空间，合法用户只能访问属于自己的文件，Windows 2000中的磁盘限额功能是基于用户和卷的。优化NTFS的性能　　·该卷是直接创建的还是由一个FAT卷转换来的。
　　·该卷是否使用了NTFS的压缩功能。
　　·经常访问的文件中的碎片和位置。例如主文件表（MFT）、目录、包含NTFS频繁使用的数据的文件、缓冲文件和频繁使用的用户文件。簇的大小　　·不能使用NTFS的文件压缩功能
　　·浪费的磁盘空间增加设置->控制面板->管理工具->性能，然后跟踪逻辑磁盘对象的平均磁盘字节/传输，使用这种方法可以得到更为精确的文件大小的和存储在这个卷上的数据类型。由FAT转换而来的NTFS程序->附件->系统工具->磁盘碎片整理，对一个驱动器进行分析，然后点击“查看报告”，用鼠标滚动到MFT碎片。
　　把一个FAT卷转换成NTFS后，簇的大小是512字节，增加了出现碎片的可能性，而且在整理碎片时需要花费更多的时间。基于上述原因，最好在最初的格式化时就把硬盘格式化成NTFS文件系统。NTFS文件压缩功能　　可以在浏览器窗口的属性对话框中对文件、文件夹、NTFS卷进行压缩。碎片整理 禁止非必需的NTFS功能　　·禁止最近访问更新。在各个目录之间来回切换时，NTFS将更新最近访问的目录的日期/时间标签，在容量比较大的NTFS卷上，它会降低NTFS卷的性能。在HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ FileSystem中把NtfsDisableLastAccessUpdate的值由0改为1，就可以禁止自动更新功能，如果没有这个条目，就在注册表中加上它好了。